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南京信帆生物:輕松捕獲microRNA的靶標
更新時間:2016-05-17   點擊次數:1612次

microRNA(miRNA)分子雖小,卻在基因表達的調控上發揮著重要作用。為了更好地了解miRNA影響健康和疾病的機制,我們首先需要知道miRNA會對哪些基因起作用。然而,這并非易事。每個miRNA都能夠調控數以百計的靶基因。之前的miRNA靶標預測主要是通過一些算法來實現,而Clontech公司(Takara旗下)近日推出一種新工具,能協助鑒定細胞中的miRNA靶標。

這一工具名為MirTrap系統。它利用RISC蛋白的顯性失活突變體,允許miRNA與其靶標結合,但限制進一步的加工。此亞基整合到內源的Argonaute/RISC復合物中,并“鎖定”miRNA-靶標mRNA。顯性失活亞基上的DYKDDDDK(FLAG表位)標簽允許整個Ago/RISC復合物的捕獲和分離。這樣就能實現miRNA及其靶標的免疫沉淀,從而通過新一代測序或定量PCR來鑒定或定量。

 

整個過程大致如下:

1. 創建miRNA模擬物。
2. 將這些miRNA模擬物和pMirTrap載體共轉染到哺乳動物細胞,并孵育24小時。同時利用miR-132、pMirTrap載體和pMirTrap對照載體開展對照轉染。
3. 利用附帶的MirTrap分離試劑盒裂解轉染后的細胞培養物。
4. 利用分離試劑盒中的磁珠對RISC復合物(其中包括靶標mRNA)進行免疫沉淀。
5. 利用附帶的NucleoSpin RNA XS試劑盒分離與磁珠結合的靶標mRNA。
6. 通過qPCR或新一代測序分析分離出的RNA,鑒定出特定miRNA的靶標mRNA。

MirTrap系統中包含了pMirTrap載體、免疫沉淀及后續分離所需的試劑、Xfect microRNA轉染試劑以及對照試劑,足夠15次分析使用。

Xfect microRNA轉染試劑也是Clontech推出的產品。它形成可生物降解的納米顆粒,從而實現miRNA的轉染。此試劑盒提供兩種轉染聚合物:Xfect MicroRNA Transfection Polymer,這是為小RNA的轉染而優化的;Xfect Polymer,這是為質粒DNA而優化的。

在miRNA轉染時,只需要Xfect MicroRNA Transfection Polymer;而在miRNA與質粒DNA的共轉染時,須在轉染反應中加入少量的Xfect Polymer。轉染過程可在血清存在時開展。

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